うちの風紀委員会は、3年生の会長・早乙女美咲、2年生で生徒指導担当の藤堂麗子、1年生ながら最も厳格な規律派の小鳥遊さくらの3人を中心に構成されている。
主人公である鈴木隆司は2年生。成績は中の上だが、服装の乱れや遅刻常習で風紀委員会のブラックリストに載っていた。
ある日、学校裏でタバコを吸っているところを3人の委員に見つかってしまう。
通常なら即座に停学処分になるところ、3人は独自の更生プログラムを提案。
放課後の風紀委員室で行われる「特別指導」を受けることを条件に、処分を見送るという。
しかしその特別指導の実態は、3人の性的な欲望を満たすための口実だった。
美咲の高圧的な支配、麗子の甘く毒のある誘惑、さくらの意外な程の積極性に翻弄される隆司。
最初は嫌々従っていた主人公だが、次第に3人それぞれの魅力に惹かれていく。
美咲の成熟した大人の色気、麗子の妖艶な雰囲気、さくらの無邪気な好奇心。
やがて立場は逆転し、3人の方が隆司の男性的魅力に溺れていく展開に。
最終的には4人の関係は歪な愛情関係へと発展してしまう。
風紀を正すはずの委員会室が、性の解放区となっていく。
放課後の委員室という密室を舞台に、清楚な制服の下に隠された彼女たちの性的な欲望が暴かれていく。