──フリギア王立ジュエリー・アカデミア──
そこは『意志（ジェム）』と呼ばれる不思議な宝石を研究する学園。
主人公ソーマ・ジェイスはアカデミアに眠る『賢者の石』を探るべく、エージェントとして『クラス・ダイヤ』への潜入を試みる。
しかし……彼が配属されたのは謎の新設学級『クラス・ペガサス』だった。
──素性を隠す外国のスパイ・ソーマ。
──剣にしか興味のない女子・ベルカ。
──誰ともつるまない孤高の不良・ヴェオ。
──獣人にして稀代の才媛・メア。
──成績も態度も最悪の王子・マークス。
──唯一まともなクラスの良心・アリアンナ。
ペガサス組に揃ったのは目的も国籍もバラバラな６人の少年少女。
彼らはしばしば反発し合いながらも、やがて世界を脅かす危機に直面することになる。
『石喰い』──
それは、ノヴァ大陸全土を石化せんと迫る謎の災厄。
その最前線に位置した彼らは、元凶の組織《メデューサ》との闘争に巻き込まれていき……？
「いくよみんな──わたし達の全力を、思いっきりぶつけてやろう！」
果たしてソーマはミッションを達成できるのか。
そして、大陸を喰らう石化の脅威に打ち勝つことはできるのか。
世界を羽ばたく意志と絆の冒険譚──ここに輝く。