時は明治初期。
近代化が進み、日本は大国の一歩を踏み出そうとしていた。
しかし侍や忍者、くノ一……何より戦がなくなることに不満を持つ何者かが、武器や糧食を集めていることが判明。
戦乱の火種を振り払うべく、ただちに政府お抱えの忍たちが侵入を試みる。
しかし結果を残せないまま全員討ち取られてしまった……。
そこで主人公である”桔梗”は、里長からの命令を受け町の調査を行うことに。
しかし他のくノ一に比べ、戦闘力に劣る桔梗は「戦わないくノ一」と仲間内から馬鹿にされる言わば凡才。
そんな桔梗が何故今回のような大役を担ったのか。
それは彼女が、演技と性技に長けたくノ一であったからだ。
桔梗は単身、様々な思惑渦巻く町へ忍び込む……。