地球では、一般人が知らないところで、地球人と宇宙人が共存していた。
様々な星から色々な宇宙人が来星して、観光を楽しんだり、そのまま地球に移住したりしている。
とは言え、全てが順調に進むわけではない。
小さなトラブルから、時には事件を起こしてしまうことも。
そんな宇宙人が起こす問題などを解決する組織が存在する。
人知れず活動する組織、『メン・イン・ブラック』。通称『MIB』。
ある日の学園の帰り道。
主人公、音無昴（おとなしすばる）が歩いていると、突如UFOに拉致されそうになる。
その窮地をクラスメイトの黒河有佳乃（くろかわゆかの）に助けられ、その後UFOの撃退に協力する。
UFOを目撃してしまった、という理由で記憶を消されそうになる昴だが、
紆余曲折あって翌日、彼女が所属する『MIB』の本部へと連れて行かれる。
そこで昴は様々な奇妙な形状をした宇宙人を目の当たりにする。
そうして施設の説明をされた後、昴は『MIB』に所属することになる。
今までの日常から一気に遠ざかる昴の生活。
様々な『人』を巻き込んだ波乱の人生がスタートする。